照井龙与亚树子开始了婚后的甜蜜生活，但最近发生了连续杀人案件，紧急受命的龙参与到了案件的调查中。此时，刃野警官却遭到枪击伤重倒下了，而龙则莫名被当成了嫌疑人！深陷危机的龙不得不与掌握着案情关键线索的女惯偷——葛木葵一起躲避追捕，加速记忆体被夺走的龙也无法变身成假面骑士！不仅如此，因为亚树子得知了龙与别的女人一起逃亡而愤怒不已，龙还面临着离婚危机？！敌人不断袭来，龙能否冲破困境化险为夷呢？

一年前，私家侦探鸣海庄吉和他的弟子左翔太郎从神秘组织中解救出了一位少年。在逃亡过程中，庄吉中枪倒下了，剩下的两人走投无路……2009年秋天，在每个角落都有风车转动的城市——风都，翔太郎继承庄吉的衣钵经营着侦探事务所。庄吉的女儿鸣海亚树子来到翔太郎和一年前得救的少年菲利普面前，让他们马上离开。在与翔太郎纠缠的时候，亚树子得知了风都有怪人“掺杂体”作乱，而她也渐渐地被牵扯进了守卫风都的战斗中……

在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！

故事讲述的是帝骑穿越到各个假面骑士的世界去战斗的故事。空我、亚极陀、龙骑、555、剑、响鬼、甲斗王、电王、月骑、亚马逊、暗日、暗日生化体等假面骑士均会出现，这也是本剧的卖点之一。

本作主人公为高中生，也是假面骑士史上年龄较小的骑士，口头禅为“宇宙来了”。这是假面骑士系列第一次以高中校园作为故事舞台，以高中生作为主角。 主角如月弦太朗是转校生，梳着飞机头，梦想是“与学校的所有人成为朋友”。他的同班同学歌星贤吾，拥有神秘的天文开关和月球基地——玉兔舱。二人的相遇，促使了假面骑士卌骑的诞生！弦太朗与朋友们共同创立了假面骑士部，在宇宙与学园的舞台上，与朋友们一起成长，共享有泪有笑的青春。

故事关于主角红渡与父亲红音也两世代的人的故事。1986年，变化成人类并靠吸收人类生命能量存活的怪物牙鬼族在世间肆意横行，只有极少数人注意到了这一切并与牙鬼族展开了战斗。某一天，牙鬼族猎人麻生友里被她所狩猎的牙鬼族逼到绝境时，多亏被她所吸引的男子帮忙而顺利逃脱。这个不顾友里的斥责反而一味向她示爱的男子，名叫红音也。这位天才小提琴演奏家，由此获悉了牙鬼族的存在。时隔22年后的2008年，出现了一个以口罩覆面，收集垃圾捡鱼骨的奇怪青年，他的名字叫红渡，是红音也的儿子。他正为了能制作出超越父亲遗物“血色玫瑰”的小提琴而努力学习，但由于他那极度厌世的内向性格，经常引起各方的误会。 这时，22年前曾一度逃脱的牙鬼族又再次出现了。这时小提琴“血色玫瑰”的琴弦突然开始振动，听到这声音的阿渡受着本能的驱使前往了牙鬼族出现的现场。被月蝠咬到后的阿渡瞬间变成了假面骑士月骑与牙鬼族战斗。

男主门矢士失去了以前的记忆，在街头流浪的门矢士被女主光夏海发现，光夏海好心将门矢士收留在了爷爷的照相馆。门矢士整天都要出门拍照，似乎在寻找着什么。某日，门矢士和往常一样出门拍照，结果，原本平静的街头突然开始出现大量怪物，空间发生扭曲，街道发生爆炸。前来寻找门矢士的光夏海也被出现的怪物所盯上。世界似乎开始崩溃瓦解。

「来吧，开始实验吧。」 行星探测船从火星带回的神秘之箱“潘多拉魔盒”。 从箱中释放出来的能量创造出了巨大的墙壁，日本从此被分成了三部分。 10年后，在谜之怪人“猛击者”暗中活动的东都街头，传说存在着为了保护人们而战斗的假面骑士创骑。 他的真身是丧失记忆的天才物理学家·桐生战兔。为了解开潘多拉魔盒之谜，为了取回自己的记忆，他的战斗拉开了序幕……

怪异事件频发，越来越多的市民遭遇一种奇怪现象——仿佛自身和周围的时间陷入停滞，身体也无法自由活动……人们将这种怪异现象称为“顿浊”，并对此深感恐惧。这一变成社会问题的现象，随后被官方正式命名为“重加速现象”。为应对此事，警视厅设立了特殊状况下事件搜查课，简称“特状课”。 半年前，被分配到特状课的刑警泊进之介在追捕犯人时遭遇了“顿浊”，导致同事身受重伤、无法复职，这件事让他的内心蒙上了一层阴影。 而让进之介重新振作起来的，是他在一辆名为“特莱多隆”的超级战车中遇到的腰带先生。为解决重加速现象以及与之相关的神秘怪人“机械变异体”，进之介内心的引擎被再次点燃。 身为警视厅特状课的刑警，进之介变身为假面骑士驰骑，为了逮捕制造怪异事件的犯人，他与神秘的机械变异体展开战斗。

为了帮助居住在眼魔的世界并将其变成美好世界的阿兰，深海诚和妹妹加农一起踏上了眼魔的世界。描写了他们新的故事，诚和阿兰相遇的故事。